Strokovno in raziskovalno delo Oddelka za varstvo rastlin temelji na naslednjih usmeritvah: 

• identifikacija, inventarizacija, geografska razprostranjenost škodljivih organizmov,
• biološka raznolikost škodljivih organizmov, njihov medvrstni odnos in odnos do drugih dejavnikov,
• varstvo rastlin in njegove posledice.

RAZISKOVALNO DELO

Vključeni smo v dve programski skupini:

• Trajnostno kmetijstvo
• Agrobiodiverziteta

Raziskovalno delo Oddelka za varstvo rastlin temelji na: 

• preučevanjih geografske razprostranjenosti posameznih vrst ogorčic in drugih škodljivih organizmov,
• študiju vplivov posameznih okoljskih dejavnikov na populacijsko dinamiko škodljivih organizmov,
• uporabi in uvajanju različnih determinacijskih metod za določanje gliv, virusov, viroidov, bakterij in ogorčic ogorčic (RT-PCR, PCR, PHAST, mikroskopska analiza slike, transmisijska elektronska mikroskopija, PCR v realnem času, imunska elektronska mikroskopija, imunofluorescenca, sistem Biolog),
• študiju vpliva škodljivih organizmov na gostiteljske rastline,
• študiju interakcij med gostiteljskimi rastlinami, prenašalci in škodljivimi organizmi,
• preučevanju okolju prijaznejših načinov za zatiranje škodljivih organizmov in drugem.

STROKOVNO DELO

V okviru zdravstvenega varstva rastlin ter opazovanja in napovedovanja škodljivih organizmov sodelujemo pri stalnem nadzoru škodljivih organizmov, ki so posebej nevarni rastlinam in rastlinskim proizvodom in kot taki razvrščeni na sezname (lista karantenskih organizmov). Nadzor nad škodljivimi organizmi temelji na Zakonu o zdravstvenem varstvu rastlin (ZZVR-1-Uradni list RS, št 45/01), vključen pa je tudi v dejavnosti države, ki so opisane v Mednarodnem sporazumu o sanitarnih in fitosanitarnih ukrepih (WTO) in Mednarodni konvenciji o varstvu rastlin (IPPC). Delo na tem področju temelji na strokovnih pregledih, spremljanjih, sistematičnih raziskavah in drugih postopkih in je zasnovano na treh različnih strokovnih segmentih:

• diagnostika, v okviru katere opravljamo laboratorijske analize na prisotnost virusov, bakterij, gliv, žuželk in ogorčic, razvijamo in vpeljujemo različne diagnostične tehnike in vodimo zbirke protiteles, patogenov in testnih rastlin za potrebe diagnosticiranja škodljivih organizmov;
• strokovna podpora uradnemu organu, v okviru katere sodelujemo pri oblikovanju ocen nevarnosti pojava in širjenja posameznih škodljivih organizmov, pripravljamo različna strokovna mnenja, poročila in publikacije ter spremljamo pojav in širjenje karantenskih škodljivih organizmov pri nas;
• opazovalno napovedovalna dejavnost, v okviru katere spremljamo meteorološke podatke, razvoj pomembnejših kmetijskih rastlin ter pojav in širjenje gospodarsko pomembnih škodljivih organizmov gojenih rastlin. Škodljive organizme spremljamo z opazovanji na terenu in uporabo nekaterih prognoznih modelov, na temelju ugotovitev pa pripravljamo priporočila za varstvo rastlin.

Škodljivi organizmi, katerim v zadnjih letih posvečamo posebno pozornost:

• virusi - analize vzorcev v okviru posebnih nadzorov in spremljanj: Plum pox potyvirus (PPV), Apple chlorotic leafspot trichovirus (ACLV), Tomato rinspot nepovirus (TRSV), Beet necrotic yellow vein benyvirus (BNYVV), Prunus necrotic ringspot ilarvirus (PNRSV), Prune dwarf ilarvirus (PDV), Raspberry bushy dwarf idaeovirus (RBDV), nepovirusi vinske trte in druge laboratorijske analize virusov,
• bakterije - spremljanje in ugotavljanje prisotnosti bakterije Erwinia amylovora, identifikacija nekaterih Gram negativnih bakterij (Agrobacterium vitis, A. tumefaciens, Xanthomonas campestris pv. campestris in bakterij iz rodov Erwinia, Xanthomonas, Pseudomonas) in bakterijskih bolezni na fižolu (X. campestris pv. phaseoli, Pseudomonas syringae pv. syringae, P. syringae pv. phaseolicola),
• glive - laboratorijske analize vzorcev na organizme posebnega pomena: Colletotrichum acutatum, Puccinia horiana, Didymella ligulicola, Phytophthora fragariae in druge vrste rodu Phytophtora pri lesnatih rastlinah, glive rodu Fusarium in njihovih mikotoksinov ter analize v okviru sistematičnega nadzora: Monilinia fructicola in Phytophthora ramorum,
• insekti - sistematični nadzor koruznega hrošča, Diabrotica virgifera virgifera, listne uši v krompirju),
• ogorčice - laboratorijske analize v okviru posebnih nadzorov in spremljanj Globodera rostochiensis, G. pallida, Bursphelenchus xylophilus ter analize drugih pomembnih ogorčic (Ditylenchus dipsaci, Xiphinema americanum, X. index, Meloidogyne chitwoodi, M fallax, Aphelenchoides besseyi itn).

SERVISNA DEJAVNOST IN NALOGE PO POSEBNIH POGODBAH IN NAROČILIH

1. Fitofarmacija 
Opravljamo biološka preizkušanja fitofarmacevtskih sredstev. 

2. Svetovalno delo 
V sodelovanju z drugimi sodelavci Službe za varstvo rastlin prenašamo svoje znanje na končnega porabnika v okviru konzultacij ob obiskih svetovalcev, tehnologov in pridelovalcev pri nas. Svetovalno delo poteka tudi preko oglaševanja v javnih občilih in preko sodelovanja na raznih predavanjih. 

3. Identifikacija škodljivih organizmov 
Opravljamo determinacije rastlinskih bolezni, škodljivcev in plevelov (rastlinskih vrst), posredujemo odgovore in priporočamo ustrezne varstvene ukrepe.